Sur l’initiative de deux Communautés avec leurs Missions associées (la Communauté Evangélique au Centre de l’Afrique/AIM, et la Communauté Nation du Christ en Afrique/UFM—CrossWorld), il fut organisée, le 4 septembre 1959, une Institution théologique dénommée l’Ecole de Théologie au Congo du Nord (ETCN). En septembre 1961, l’Institution ouvrit ses portes à Banjwade à 64 kilomètres au nord de Kisangani dans la Province Orientale. Après une interruption de fonctionnement due à la rébellion de 1964, l’enseignement reprit dans des locaux prêtés par l’Ecole Biblique à Linga, près de Bunia. En septembre 1967, l’Ecole aménagea la concession actuelle à Bunia où elle grandit et se développe. La première promotion au niveau du Cours Moyen eut lieu en février 1968 et la première promotion au niveau « Théologie » en juin 1970. En 1969, la Communauté des Eglises Baptistes au Congo Est/WorldVenture se joignit à l’ETCN comme troisième Communauté membre.

En 1972, le nom fut changé en Ecole de Théologie Evangélique de Bunia (ETEB). En 1973, fut organisé un programme au niveau supérieur, et le nom fut changé le 28 mars 1973 en Institut Supérieur Théologique de Bunia (ISTB). La première promotion des gradués en Théologie fut admise en septembre 1976. En 1978, la Communauté Emmanuel/CMML devint la quatrième Communauté membre. Enfin en 1982, la Communauté Evangélique du Christ au Cœur de l’Afrique/WEC rejoignit l’ISTB comme cinquième Communauté membre. En octobre 1986, le Conseil d’Administration de l’ISTB décida d’ouvrir le deuxième cycle avec deux Options : Théologie Pastorale et Théologie Biblique. En 2005, l’ISTB se vit doté d’une troisième Option : la Missiologie.

Le 27 février 2007, 48 ans après sa création, l’Institut Supérieur Théologique de Bunia (ISTB) changea finalement en Université Shalom de Bunia (USB). Ce changement est un aboutissement d’un long processus qui a commencé en 1996. L’effort n’avait jusque là pas abouti à cause de l’instabilité politique de l’époque, suivi des guerres répétées.